本會的前身為 (九廣鐵路輕鐵部員工協會)，成立於2002年1月。 2003年九鐵公司改組，成立運輸部，本會因應有關部門及同事的要求，配合公司的改變，經第二屆理事會議決及2004年周年會員大會通過，更改名稱為 (九廣鐵路員工協會)。2004年4月，政府公佈兩鐵（九廣鐵路、地下鐵路）合併方案，2007年12月28日，經第三屆理事會議決，會員大會通過，更改會名稱為 香港鐵路職員工會，為香港鐵路有限公司（九廣鐵路、地下鐵路）的同事繼續服務。
